Надежным методом профилактики служит вакцинация от клещевого энцефалита, которую рекомендуется пройти людям, постоянно или временно находящимся в регионах, эндемичных по клещевому энцефалиту. Иммунитет формируется через 2 недели, первая ревакцинация — через год, последующие — через 3 года.

При присасывании клеща в эндемичных районах людям, не болевшим и не вакцинированным, в качестве экстренной профилактики рекомендуется введение иммуноглобулина человека против клещевого энцефалита (в первые 72 часа после укуса).

Чтобы избежать присасывания клеща, во время прогулок в лесопарковых зонах желательно носить закрытую одежду и пользоваться репеллентами, которые отпугивают или убивают насекомых.

После прогулки следует провести самоосмотр, чтобы вовремя обнаружить клеща, при обнаружении — как можно быстрее его удалить (чем дольше паразит сосет кровь, тем выше вероятность инфицирования).